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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
Fecha : |
17/04/2024 |
Actualizado : |
17/04/2024 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
Autor : |
JURBURG, S.D.; ÁLVAREZ BLANCO, M.J.; CHATZINOTAS, A.; KAZEM, A.; KÖNIG-RIES, B.; BABIN, D.; SMALLA, K.; CERECETTO, V.; FERNANDEZ-GNECCO, G.; COVACEVICH, F.; VIRUEL, E.; BERNASCHINA, Y.; LEONI, C.; GARAYCOCHEA, S.; TERRA, J.A.; FRESIA, P.; FIGUEROLA, E.L.M.; WALL, L.G.; COVELLI, J.M.; AGNELLO, A.C.; NIETO, E.E.; FESTA, S.; DOMINICI, L.E,; ALLEGRINI, M.; ZABALOY, M.C.; MORALES, M.E.; ERIJMAN, L.; CONIGLIO, A´.; CASSÁN, F.D.; NIEVAS, S.; ROLDÁN, D.M.; MENES, R.; VAZ JAURI, P.; MARRERO, C.S.; MASSA, A.M.; REVETRIA, M.A.M.; FERNÁNDEZ-SCAVINO, A.; PEREIRA-MORA, L.; MARTÍNEZ, S.; FRENE, J.P. |
Afiliación : |
STEPHANIE D. JURBURG, Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Leipzig, 04318, Germany; German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, Leipzig, 04103, Germany; MARÍA J. ÁLVAREZ BLANCO, Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Leipzig, 04318, Germany; German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, Leipzig, 04103, Germany; ANTONIS CHATZINOTAS, Dept. Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Leipzig, Germany; German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, Leipzig, Germany; Institute Biology, Leipzig University, Leipzig, Germany; ANAHITA KAZEM, German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, Leipzig, Germany; Department of Mathematics and Computer Science, Friedrich Schiller University Jena Thüringen, Jena, Germany; BIRGITTA KÖNIG-RIES, German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig, Leipzig, Germany; Department of Mathematics and Computer Science, Friedrich Schiller University Jena Thüringen, Jena, Germany; DOREEN BABIN, Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, Braunschweig, 38104, Germany; KORNELIA SMALLA, Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, Braunschweig, 38104, Germany; MARÍA VICTORIA CERECETTO GONZÁLEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, Braunschweig, 38104, Germany; GABRIELA FERNANDEZ-GNECCO, Julius Kühn Institute (JKI) - Federal Research Centre for Cultivated Plants, Institute for Epidemiology and Pathogen Diagnostics, Braunschweig, 38104, Germany; INBIOTEC-CONICET, Buenos Aires, Mar del Plata, Argentina; FERNANDA COVACEVICH, INBIOTEC-CONICET, Buenos Aires, Mar del Plata, Argentina; INTA, EEA Balcarce, Buenos Aires, Balcarce, Argentina; EMILCE VIRUEL, Instituto de Investigación Animal del Chaco Semiárido (IIACS), Centro de Investigaciones Agropecuarias (CIAP), Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA), Tucumán, Argentina; YESICA STEFANIA BERNASCHINA CORREA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; CAROLINA LEONI VELAZCO, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; SILVIA RAQUEL GARAYCOCHEA SOLSONA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; JOSÉ ALFREDO TERRA FERNÁNDEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; PABLO FRESIA, Unidad Mixta UMPI, Institut Pasteur Montevideo + INIA, Montevideo, Uruguay; EVA LUCÍA MARGARITA FIGUEROLA, Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina Instituto de Biociencias, Biotecnología y Biología Traslacional, Departamento de Fisiología y Biología Molecular y Celular, Facu; LUIS GABRIEL WALL, Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina; Laboratorio de Bioquímica y Biología de Suelos, Centro de Bioquímica y Microbiología de Suelos, Universidad Nacional de Quilmes; JULIETA MARIANA COVELLI, Laboratorio de Bioquímica y Biología de Suelos, Centro de Bioquímica y Microbiología de Suelos, Universidad Nacional de Quilmes (UNQ), Buenos Aires, Bernal, Argentina; ANA CAROLINA AGNELLO, Centro de Investigación y Desarrollo en Fermentaciones Industriales (CINDEFI, CONICET-UNLP), La Plata, Argentina; ESTEBAN EMANUEL NIETO, Centro de Investigación y Desarrollo en Fermentaciones Industriales (CINDEFI, CONICET-UNLP), La Plata, Argentina; SABRINA FESTA, Centro de Investigación y Desarrollo en Fermentaciones Industriales (CINDEFI, CONICET-UNLP), La Plata, Argentina; LINA EDITH DOMINICI, Centro de Investigación y Desarrollo en Tecnología de Pinturas y Recubrimientos (CIDEPINT, CICPBA-CONICET-UNLP), La Plata, A; MARCO ALLEGRINI, Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida (CERZOS, CONICET-UNS), Buenos Aires, Bahía Blanca, Argentina; MARÍA CELINA ZABALOY, Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida (CERZOS, CONICET-UNS), Buenos Aires, Bahía Blanca, Argentina; Departamento de Agronomía, Universidad Nacional del Sur (UNS); MARIANELA ESTEFANÍA MORALES, Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida (CERZOS, CONICET-UNS), Buenos Aires, Bahía Blanca, Argentina; Departamento de Agronomía, Universidad Nacional del Sur (UNS); LEONARDO ERIJMAN, Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular, Dr Héctor N Torres' (INGEBI-CONICET)T, Buenos Aires, Argentina; Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular Dr Hé; ANAHI CONIGLIO, Laboratorio de Fisiología Vegetal y de la Interacción Planta Microorganismo (LFVIPM), Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas (INIAB-CONICET), Facultad de Ciencias Exactas Físico-Químicas y Naturales, Universidad Nacional de Río C; FABRICIO DARIO CASSÁN, Laboratorio de Fisiología Vegetal y de la Interacción Planta Microorganismo (LFVIPM), Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas (INIAB-CONICET), Facultad de Ciencias Exactas Físico-Químicas y Naturales, Universidad Nacional; SOFIA NIEVAS, Laboratorio de Fisiología Vegetal y de la Interacción Planta Microorganismo (LFVIPM), Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas (INIAB-CONICET), Facultad de Ciencias Exactas Físico-Químicas y Naturales, Universidad Nacional de Río Cua; DIEGO M. ROLDÁN, Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE), Ministerio de Educación y Cultura, Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Ecología Micr; RODOLFO MENES, Laboratorio de Ecología Microbiana Medioambiental, Facultad de Química, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Microbiología, Unidad Asociada del; PATRICIA VAZ JAURI, Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; Laboratorio de Interacción Plan; CARLA SILVA MARRERO, Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; ADRIANA MONTAÑEZ MASSA, Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; MARÍA ADELINA MOREL REVETRIA, Laboratorio de Microbiología de Suelos, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; ANA FERNÁNDEZ-SCAVINO, Laboratorio de Ecología Microbiana y Microbiología Ambiental, Departamento de Biociencias, Facultad de Química, Universidad de la República (UdelarR), Montevideo, Uruguay; LUCIANA PEREIRA-MORA, Laboratorio de Ecología Microbiana y Microbiología Ambiental, Departamento de Biociencias, Facultad de Química, Universidad de la República (UdelarR), Montevideo, Uruguay; SOLEDAD MARTÍNEZ, Laboratorio de Biotecnología, Departamento de Biociencias, Unidad de Análisis de Agua, Facultad de Química, Universidad de la República (UdelaR), Montevideo, Uruguay; JUAN PABLO FRENE, School of Biosciences, University of Nottingham, Sutton Bonington, LE12 5RD, United Kingdom. |
Título : |
Datathons: fostering equitability in data reuse in ecology. |
Complemento del título : |
Science & Society. |
Fecha de publicación : |
2024 |
Fuente / Imprenta : |
Trends in Microbiology. 2024. https://doi.org/10.1016/j.tim.2024.02.010 -- OPEN ACCESS [Article in Press] |
ISSN : |
0966-842X |
DOI : |
10.1016/j.tim.2024.02.010 |
Idioma : |
Inglés |
Notas : |
Article history: Available online 21 March 2024. -- Correspondence: Jurburg, S.D.; Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Leipzig, Germany; email:s.d.jurburg@gmail.com -- LICENSE: Article under a Creative Commons license (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ ) -- |
Contenido : |
ABSTRACT.- Approaches to rapidly collecting global biodiversity data are increasingly important, but biodiversity blind spots persist. We organized a three-day Datathon event to improve the openness of local biodiversity data and facilitate data reuse by local researchers. The first Datathon, organized among microbial ecologists in Uruguay and Argentina assembled the largest microbiome dataset in the region to date and formed collaborative consortia for microbiome data synthesis. © 2024 The Author(s) |
Palabras claves : |
ÁREA DE RECURSOS NATURALES, PRODUCCIÓN Y AMBIENTE - INIA; ÁREA MEJORAMIENTO GENÉTICO Y BIOTECNOLOGÍA VEGETAL - INIA; DATATHONS; SISTEMA ARROZ-GANADERÍA - INIA; SISTEMA VEGETAL INTENSIVO - INIA; The Datathon 2022 Consortium. |
Asunto categoría : |
-- |
URL : |
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0966842X24000507/pdf
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Marc : |
LEADER 02820naa a2200697 a 4500 001 1064595 005 2024-04-17 008 2024 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a0966-842X 024 7 $a10.1016/j.tim.2024.02.010$2DOI 100 1 $aJURBURG, S.D. 245 $aDatathons$bfostering equitability in data reuse in ecology.$h[electronic resource] 260 $c2024 500 $aArticle history: Available online 21 March 2024. -- Correspondence: Jurburg, S.D.; Department of Applied Microbial Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Leipzig, Germany; email:s.d.jurburg@gmail.com -- LICENSE: Article under a Creative Commons license (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ ) -- 520 $aABSTRACT.- Approaches to rapidly collecting global biodiversity data are increasingly important, but biodiversity blind spots persist. We organized a three-day Datathon event to improve the openness of local biodiversity data and facilitate data reuse by local researchers. The first Datathon, organized among microbial ecologists in Uruguay and Argentina assembled the largest microbiome dataset in the region to date and formed collaborative consortia for microbiome data synthesis. © 2024 The Author(s) 653 $aÁREA DE RECURSOS NATURALES, PRODUCCIÓN Y AMBIENTE - INIA 653 $aÁREA MEJORAMIENTO GENÉTICO Y BIOTECNOLOGÍA VEGETAL - INIA 653 $aDATATHONS 653 $aSISTEMA ARROZ-GANADERÍA - INIA 653 $aSISTEMA VEGETAL INTENSIVO - INIA 653 $aThe Datathon 2022 Consortium 700 1 $aÁLVAREZ BLANCO, M.J. 700 1 $aCHATZINOTAS, A. 700 1 $aKAZEM, A. 700 1 $aKÖNIG-RIES, B. 700 1 $aBABIN, D. 700 1 $aSMALLA, K. 700 1 $aCERECETTO, V. 700 1 $aFERNANDEZ-GNECCO, G. 700 1 $aCOVACEVICH, F. 700 1 $aVIRUEL, E. 700 1 $aBERNASCHINA, Y. 700 1 $aLEONI, C. 700 1 $aGARAYCOCHEA, S. 700 1 $aTERRA, J.A. 700 1 $aFRESIA, P. 700 1 $aFIGUEROLA, E.L.M. 700 1 $aWALL, L.G. 700 1 $aCOVELLI, J.M. 700 1 $aAGNELLO, A.C. 700 1 $aNIETO, E.E. 700 1 $aFESTA, S. 700 1 $aDOMINICI, L.E, 700 1 $aALLEGRINI, M. 700 1 $aZABALOY, M.C. 700 1 $aMORALES, M.E. 700 1 $aERIJMAN, L. 700 1 $aCONIGLIO, A´. 700 1 $aCASSÁN, F.D. 700 1 $aNIEVAS, S. 700 1 $aROLDÁN, D.M. 700 1 $aMENES, R. 700 1 $aVAZ JAURI, P. 700 1 $aMARRERO, C.S. 700 1 $aMASSA, A.M. 700 1 $aREVETRIA, M.A.M. 700 1 $aFERNÁNDEZ-SCAVINO, A. 700 1 $aPEREIRA-MORA, L. 700 1 $aMARTÍNEZ, S. 700 1 $aFRENE, J.P. 773 $tTrends in Microbiology. 2024. https://doi.org/10.1016/j.tim.2024.02.010 -- OPEN ACCESS [Article in Press]
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INIA Las Brujas. |
Fecha actual : |
22/09/2023 |
Actualizado : |
22/09/2023 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
Circulación / Nivel : |
Internacional - -- |
Autor : |
BERAIS-RUBIO, A.; MOREL-REVETRIA, M.; FILIPPI, C.V.; REYNO, R.; MONZA, J. |
Afiliación : |
ANDRÉS BERAIS-RUBIO, Departamento de Biología Vegetal, Laboratorio de Bioquímica, Universidad de la República, Av. Garzón 809, Montevideo PC 12.900, Uruguay; MARÍA MOREL-REVETRIA, Laboratorio de Microbiología de Suelos (LMS), Facultad de Ciencias, Universidad de la República, Iguá 4225, Montevideo PC 11.400, Uruguay; CARLA VALERIA FILIPPI, Departamento de Biología Vegetal, Laboratorio de Bioquímica, Universidad de la República, Av. Garzón 809, Montevideo PC 12.900, Uruguay; RAFAEL ALEJANDRO REYNO PODESTA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; JORGE MONZA, Departamento de Biología Vegetal, Laboratorio de Bioquímica, Universidad de la República, Av. Garzón 809, Montevideo PC 12.900, Uruguay. |
Título : |
Ensifer meliloti elite strain U143 used as alfalfa inoculant in Uruguay: Characterization and draft genome sequence. |
Fecha de publicación : |
2023 |
Fuente / Imprenta : |
The Microbe. 2023, Volume 1, article 100008. https://doi.org/10.1016/j.microb.2023.100008 -- OPEN ACCESS. |
ISSN : |
2950-1946 |
DOI : |
10.1016/j.microb.2023.100008 |
Idioma : |
Inglés |
Notas : |
Article history: Received 23 May 2023, Revised 14 August 2023, Accepted 12 September 2023, Available online 13 September 2023, Version of Record 19 September 2023. -- Correspondence: Jorge Monza, mail: jmonza@fagro.edu.uy -- LICENSE: This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (http://creativecommons.org/licenses/bync-nd/4.0/). -- FUNDING: This work was financially supported by Instituto Nacional de
Investigación Agropecuaria (INIA) L-1, Grant Comisión Académica de Postgrado, Universidad de la República, Programa de Desarrollo de
Ciencias Básicas (PEDECIBA) and Sistema Nacional de Investigadores (SNI). |
Contenido : |
ABSTRACT.- Ensifer (syn. Sinorhizobium) meliloti U143 is an effective nitrogen-fixing strain isolated from Uruguayan soils. For decades, this strain has been used as an inoculant for different alfalfa cultivars. Here we report for the first time a characterization of the U143 elite strain that includes the preliminary genomic sequence, its annotation, and physiological parameters related to its symbiotic efficiency and nitrate respiration capacity. Through Illumina sequencing, the genome of the U143 strain was sequenced. The genome length was 6,801,966 bp, and it contained two megaplasmids, an average GC content of 62.15 %, and 6522 protein-coding sequences. In the symbiotic plasmid, we identified nap, nir, nor, and nos sequences that explain the ability of the U143 strain to respire NO3- in free-living and microaerobic conditions. Field assays performed in two locations for two years showed that alfalfa inoculated with the U143 strain produced 41 % more total shoot dry matter than the non-inoculated control, and between 61.3 % and 66.5 % of shoot N in alfalfa inoculated with strain U143 derived from nitrogen fixation. © 2023 The Authors. Published by Elsevier Ltd |
Palabras claves : |
Draft genome; Elite strain; Inoculant. |
Asunto categoría : |
A50 Investigación agraria |
URL : |
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2950194623000080/pdf
|
Marc : |
LEADER 02580naa a2200241 a 4500 001 1064314 005 2023-09-22 008 2023 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a2950-1946 024 7 $a10.1016/j.microb.2023.100008$2DOI 100 1 $aBERAIS-RUBIO, A. 245 $aEnsifer meliloti elite strain U143 used as alfalfa inoculant in Uruguay$bCharacterization and draft genome sequence.$h[electronic resource] 260 $c2023 500 $aArticle history: Received 23 May 2023, Revised 14 August 2023, Accepted 12 September 2023, Available online 13 September 2023, Version of Record 19 September 2023. -- Correspondence: Jorge Monza, mail: jmonza@fagro.edu.uy -- LICENSE: This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (http://creativecommons.org/licenses/bync-nd/4.0/). -- FUNDING: This work was financially supported by Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA) L-1, Grant Comisión Académica de Postgrado, Universidad de la República, Programa de Desarrollo de Ciencias Básicas (PEDECIBA) and Sistema Nacional de Investigadores (SNI). 520 $aABSTRACT.- Ensifer (syn. Sinorhizobium) meliloti U143 is an effective nitrogen-fixing strain isolated from Uruguayan soils. For decades, this strain has been used as an inoculant for different alfalfa cultivars. Here we report for the first time a characterization of the U143 elite strain that includes the preliminary genomic sequence, its annotation, and physiological parameters related to its symbiotic efficiency and nitrate respiration capacity. Through Illumina sequencing, the genome of the U143 strain was sequenced. The genome length was 6,801,966 bp, and it contained two megaplasmids, an average GC content of 62.15 %, and 6522 protein-coding sequences. In the symbiotic plasmid, we identified nap, nir, nor, and nos sequences that explain the ability of the U143 strain to respire NO3- in free-living and microaerobic conditions. Field assays performed in two locations for two years showed that alfalfa inoculated with the U143 strain produced 41 % more total shoot dry matter than the non-inoculated control, and between 61.3 % and 66.5 % of shoot N in alfalfa inoculated with strain U143 derived from nitrogen fixation. © 2023 The Authors. Published by Elsevier Ltd 653 $aDraft genome 653 $aElite strain 653 $aInoculant 700 1 $aMOREL-REVETRIA, M. 700 1 $aFILIPPI, C.V. 700 1 $aREYNO, R. 700 1 $aMONZA, J. 773 $tThe Microbe. 2023, Volume 1, article 100008. https://doi.org/10.1016/j.microb.2023.100008 -- OPEN ACCESS.
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